Une unité de traitement de l'eau est connectée à l'alimentation en eau de la salle de décontamination. L'eau du robinet est soumise à une procédure d'osmose inverse ou d'échange d'ions pour produire de l'eau déminéralisée.
L'eau déminéralisée, également appelée eau d'alimentation ou aqua dem, est nécessaire au fonctionnement d'un stérilisateur à vapeur. Un laveur-désinfecteur peut également fonctionner via une unité de traitement de l'eau. Lorsque l'eau du robinet est fortement minéralisée, le rinçage final avec de l'eau déminéralisée empêche la formation de taches ou l'altération de la surface des instruments dans le cabinet et la clinique. Les systèmes de traitement de l'eau constituent la base du maintien de la valeur de l'autoclave, du désinfecteur thermique et des instruments.
Les exigences relatives à l'eau déminéralisée sont stipulées dans la norme européenne DIN EN 13060 Annexe C.