Okres przechowywania dokumentacji w ramach AEMP wynosi co najmniej pięć lat. Jednakże inne przepisy ustawowe, takie jak te odnoszące się do akt pacjentów, mogą przewidywać inne okresy. Paragrafy 194 i następne niemieckiego kodeksu cywilnego (BGB) regulują okresy przedawnienia, które mogą wynosić od trzech do 30 lat w zależności od roszczenia o odszkodowanie. Przykładowo, dokumentacja roszczeń odszkodowawczych z tytułu uszczerbku na życiu lub zdrowiu musi być przechowywana przez okres do 30 lat.
Dziesięcioletni okres przechowywania zgodnie z § 630f BGB, który ma zastosowanie do dokumentacji pacjentów, nie powinien być mylony z okresem przedawnienia. Okres ten rozpoczyna się dopiero w momencie, gdy dana osoba dowie się o okolicznościach uzasadniających jej roszczenie.