Jednostka uzdatniania wody jest podłączona do źródła wody w pomieszczeniu odkażania. Woda z kranu jest poddawana procedurze odwróconej osmozy lub wymiany jonowej w celu uzyskania wody zdemineralizowanej.
Woda zdemineralizowana, zwana również wodą zasilającą lub wodą demineralizowaną, jest wymagana do działania sterylizatora parowego. Myjnia dezynfektor może być również obsługiwana przez jednostkę uzdatniania wody. Biorąc pod uwagę silnie zmineralizowaną wodę wodociągową, końcowe płukanie wodą zdemineralizowaną zapobiega powstawaniu plam lub zmianom powierzchni narzędzi w praktyce i klinice. Systemy uzdatniania wody stanowią podstawę do utrzymania wartości autoklawu, dezynfektora termicznego i narzędzi.
Wymagania stawiane wodzie zdemineralizowanej są określone w normie europejskiej DIN EN 13060 Załącznik C.