Un'unità di trattamento dell'acqua è collegata alla rete idrica della sala di decontaminazione. L'acqua del rubinetto viene sottoposta a una procedura di osmosi inversa o di scambio ionico per produrre acqua demineralizzata.
L'acqua demineralizzata, detta anche acqua di alimentazione o acqua dem, è necessaria per il funzionamento di uno sterilizzatore a vapore. Anche un disinfettore a lavapavimenti può funzionare tramite un'unità di trattamento dell'acqua. In presenza di acqua di rubinetto fortemente mineralizzata, il risciacquo finale con acqua demineralizzata impedisce lo sviluppo di macchie o l'alterazione della superficie degli strumenti in studio e in clinica. I sistemi di trattamento dell'acqua costituiscono la base per mantenere il valore dell'autoclave, del disinfettore termico e degli strumenti.
I requisiti dell'acqua demineralizzata sono stabiliti dalla norma europea DIN EN 13060 Appendice C.