La durée de conservation de la documentation dans l'AEMP est d'au moins cinq ans. Toutefois, d'autres dispositions légales, comme celles relatives au dossier du patient, peuvent prévoir des délais différents. Les articles 194 et suivants du Code civil allemand (BGB) régissent les délais de prescription, qui peuvent varier de trois à trente ans en fonction du droit à réparation. Par exemple, la documentation relative aux demandes de dommages et intérêts fondées sur une atteinte à la vie ou à la santé doit être conservée jusqu'à 30 ans.
Il ne faut pas non plus confondre le délai de conservation de dix ans prévu par l'article 630f du BGB, qui s'applique aux dossiers des patients, avec le délai de prescription. Ce délai ne commence à courir qu'à partir du moment où la personne concernée a pris connaissance des circonstances qui fondent sa demande.