Se conecta una unidad de tratamiento de agua al suministro de agua de la sala de descontaminación. El agua del grifo se somete a un procedimiento de ósmosis inversa o de intercambio iónico para producir agua desmineralizada.
El agua desmineralizada, también llamada agua de alimentación o aqua dem, es necesaria para el funcionamiento de un esterilizador de vapor. Una lavadora desinfectadora también puede funcionar mediante una unidad de tratamiento de agua. Ante un agua del grifo fuertemente mineralizada, el aclarado final con agua desmineralizada impide el desarrollo de manchas o la alteración de la superficie de los instrumentos en la consulta y la clínica. Los sistemas de tratamiento del agua constituyen la base para mantener el valor del autoclave, del desinfectador térmico y del instrumental.
Los requisitos exigidos al agua desmineralizada se estipulan en la norma europea DIN EN 13060 Apéndice C.