El periodo de conservación de la documentación en el AEMP es de al menos cinco años. No obstante, otras disposiciones legales, como las relativas a los expedientes de los pacientes, pueden estipular periodos diferentes. Los artículos 194 y siguientes del Código Civil alemán (BGB) regulan los plazos de prescripción, que pueden oscilar entre tres y 30 años en función de la reclamación por daños y perjuicios. Por ejemplo, la documentación de las reclamaciones por daños y perjuicios basados en lesiones a la vida o la salud debe conservarse hasta 30 años.
El periodo de conservación de diez años previsto en el artículo 630f del BGB, que se aplica a los historiales de los pacientes, no debe confundirse con el plazo de prescripción. Este plazo sólo comienza una vez que el interesado ha tenido conocimiento de las circunstancias que justifican su reclamación.